Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών ιδρύθηκε το 1991. Ανήκει στη Φιλοσοφική Σχολή (Πανεπιστημιούπολη Ζωγράφου) στο κτήριο της οποίας και στεγάζεται. 

Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών είναι προσηλωμένο στην παροχή υψηλής ποιότητας ανώτατης εκπαίδευσης στους φοιτητές του στα επιστημονικά πεδία τα οποία θεραπεύει. Η συνύπαρξη διαφόρων επιστημονικών πεδίων και επιστημολογικών τάσεων στο Τμήμα διαμορφώνει ένα πλαίσιο μουσικών σπουδών σύγχρονων και διεθνών προδιαγραφών. Το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος έχει ευρύ επιστημονικό ορίζοντα και κριτικό, διεπιστημονικό, προσανατολισμό. Οι φοιτητές και οι φοιτήτριες καλλιεργούν την επιστημονική σκέψη και πρακτική, μαθαίνοντας τη σημασία της μουσικής γνώσης σε συνάρτηση με τα γνωστικά συστήματα στα οποία εντάσσεται η δεξιότητα της μουσικής. Για παράδειγμα, αντιμετωπίζουν την ελληνική μουσική στο σύνολο της ιστορικής της έκφρασης ως αρχαία, βυζαντινή (εκκλησιαστική και κοσμική), δημοτική και λαϊκή παραδοσιακή, την ευρωπαϊκή, την ηλεκτροακουστική κ.ά., σε ευρύ και κριτικό επιστημονικό πλαίσιο.

Στο Τμήμα υφίστανται τρεις τομείς (Τομέας Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας, Τομέας Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας και Τομέας Τεχνολογίας Ήχου, Μουσκοπαιδαγωγικής και Βυζαντινής Μουσικολογίας), καθώς και τέσσερις κατευθύνσεις προχωρημένου εξαμήνου: α) Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας β) Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας γ) Μουσικής Τεχνολογίας και δ) Βυζαντινής Μουσικολογίας. 

Η φοίτηση διαρκεί πέντε χρόνια και η επιτυχής ολοκλήρωση του πρώτου κύκλου σπουδών οδηγεί στην απονομή ενιαίου και αδιάσπαστου τίτλου σπουδών μεταπτυχιακού επιπέδου (integrated master) στην ειδικότητα του Τμήματος, επιπέδου 7 του Εθνικού και Ευρωπαϊκού Πλαισίου Προσόντων. Στους αποφοίτους του Τμήματος παρέχεται η δυνατότητα επιπλέον μεταπτυχιακών σπουδών.

Tο πρόγραμμα δίνει έμφαση στην παιδαγωγική, η δε παιδαγωγική επάρκεια των φοιτητών επιτυγχάνεται μέσω διαφόρων σχετικών μαθημάτων, πρακτικής άσκησης, καθώς και κοντινών συγγενικών αντικειμένων και προσεγγίσεων. Με το δυνατό διεπιστημονικό και πολυεπίπεδο μουσικό και μουσικολογικό υπόβαθρο που αποκτούν, οι απόφοιτοι έχουν άριστη απορροφητικότητα και επιτυχία σε μεταπτυχιακά προγράμματα της Ελλάδας και του Εξωτερικού, όχι μόνο στη μουσικολογία, αλλά και σε άλλα σχετικά αντικείμενα (ανθρωπολογία της μουσικής, τεχνολογία και πληροφορική, ψυχολογία, παιδαγωγική, ειδική αγωγή, μουσικοθεραπεία, μουσικοπαιδαγωγικά κ.ά.), όπου και πολλοί έχουν εξαιρετικές επιδόσεις.

Τέλος, στο Τμήμα έχουν εκπονηθεί και βρίσκονται υπό εκπόνηση δεκάδες διδακτορικές διατριβές σε αντικείμενα συναφή προς όλες τις επιμέρους κατευθύνσεις και γνωστικά πεδία.