Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών ανήκει στη Σχολή Μουσικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και ιδρύθηκε με τον Ν.4559/2018 (ΦΕΚ Α΄ 142/03-08-2018). Σε αυτό εντάχθηκαν από 1.10.2018 το προσωπικό και οι φοιτητές του Tμήματος Λαϊκής και Παραδοσιακής Μουσικής του πρώην ΤΕΙ Ηπείρου, το οποίο είχε ιδρυθεί με το ΠΔ 200/6-9-1999.

Οι στόχοι και σκοποί του Τμήματος Μουσικών Σπουδών επικεντρώνονται στη μουσικολογική εκπαίδευση των φοιτητών με βάση μια οργανοκεντρική προσέγγιση, που περιλαμβάνει μουσική πράξη. Η μουσική αντιμετωπίζεται ως συνολικό κοινωνικό φαινόμενο, πλαισιωμένη όχι μόνο από το θεωρητικό της υπόβαθρο, αλλά και από την ανάλογη ιστορική, πολιτισμική και ανθρωπολογική σπουδή. Ιδιαίτερα όσον αφορά το αντικείμενο των προφορικών μουσικών παραδόσεων, οι εξωτερικοί αξιολογητές το 2014 χαρακτήρισαν το σχετικό πρόγραμμα σπουδών ως υποδειγματικό για τη διδασκαλία των παραδοσιακών μουσικών διεθνώς.