Ο Οργανισμός Μεγάρου Μουσικής Αθηνών ιδρύθηκε το 1981 με Πρόεδρο τον Χρήστο Δ. Λαμπράκη, o oποίος ανέλαβε την ευθύνη για την ολοκλήρωση του έργου και τη λειτουργία του Μεγάρου. Ο Οργανισμός είναι μη κερδοσκοπικός και διοικείται από ενδεκαμελές συμβούλιο. Η πλειοψηφία του συμβουλίου διορίζεται από το Υπουργείο Πολιτισμού & Αθλητισμού και το Υπουργείο Οικονομικών, ενώ τρία μέλη του προτείνονται από το Σύλλογο Οι Φίλοι της Μουσικής (μη κερδοσκοπικός κοινωφελής φορέας).

Το Μέγαρο Μουσικής Αθηνών είναι ένας σύγχρονος χώρος πολιτισμού, καλλιτεχνικής δημιουργίας, εκπαιδευτικών δράσεων και κοινωνικής ανάπτυξης.  Στόχος της δημιουργίας του Οργανισμού ήταν και παραμένει η διοργάνωση εκδηλώσεων υψηλού επιπέδου.