Ο Οργανισμός Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης ιδρύεται με το Ν.2121/1993, αρ.76 και είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου. Είναι κοινωφελής μη κερδοσκοπικός Οργανισμός υπό την εποπτεία του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού. Διοικείται από δεκαμελές Διοικητικό Συμβούλιο και σκοπός του είναι η κατασκευή και η λειτουργία του Μεγάρου προς εξυπηρέτηση σοβαρών μουσικών και καλλιτεχνικών εκδηλώσεων που στοχεύουν πρωταρχικώς στην άνοδο του μουσικού μορφωτικού επιπέδου της χώρας.  ​