Το Μουσικό Σχολείο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε τον Ιούνιο του 1992. Στεγάστηκε αρχικά σε λίγες αίθουσες του Παπαφείου Ιδρύματος και το σχολικό έτος 1992-1993 λειτούργησε με δύο τμήματα στην Α’ τάξη Γυμνασίου μετά από επιλογή 46 μαθητών και λίγους αποσπασμένους και ωρομίσθιους καθηγητές. To 1998 μεταστεγάστηκε στις νέες κτιριακές εγκαταστάσεις στην Πυλαία, όπου βλειτουργεί έως σήμερα.